Indførelsen af Mac App Store har helt klart været et skridt iden rigtige retning. Det er blevet meget nemmere at finde, installere og købe programmer til Mac og udbuddet er eksploderet. Et lille problem eksisterer dog stadig: Den manglende integration mellem Mac App Store og programmer købt andre steder. Det betyder for eksempel, at hvis man har købt et program uden om Mac App Store, og programmet herefter kommer i Mac App Store, så kan man ikke få de automatisk opdateringer og så videre. For at få det skal programmet være købt gennem Mac App Store. Man kan ikke overføre sine licenser. Det er selvfølgelig meget logisk, da udviklere så ville kunne sælge uden om Apple (og derved undgå Apples kommission) og alligevel drage fordel af Apples service. Men selvom det er logisk, kan det godt være irriterende

En anden ting er, at man kan komme til at købe det samme program to gange. En gang uden for Mac App Store og en gang gennem Mac App Store, da Mac App Store ikke har registreret køb foretaget andet steds. Eller det vil sige, det har det nu. Apple har nemlig indført en funktion, der advarer en, hvis man vil købe et program gennem Mac App Store, og man allerede har det installeret på computeren, fordi man har købt det et andet sted. Dermed kan man forhåbentligt få afværget dobbeltkøb af programmer.

For at funktionen skal virke, skal programmerne dog have præcis det samme versionsnummer.