I macOS Mojave bliver Mac App Store redesignet. En af ændringerne er at opdateringer til selve styresystemet forsvinder herfra og istedet kommer over i Systemindstillinger. Præcis som vi kender fra iOS, hvor det kun er opdateringer til apps der sker via App Store, mens systemopdateringer sker i Indstillinger.

Apple oplyser desuden at Mojave bliver den sidste udgave af macOS der understøtter 32-bit apps. Forsøger man at åbne en 32-bit app i Mojave vil man få en besked om at appen ikke vil virke med fremtidige udgaver af macOS. Denne advarsel bliver kun vist en enkelt gang for hver app. Når næste version af macOS, den der kommer efter Mojave, udkommer vil disse apps holde helt op med at virke. Det var en lignende måde Applegjorde dem med for iOS.